Le Professeur Seko vit à Bourg-en-Vol dans la région de Hoenn. Il travaille dans son laboratoire avec un assistant, mais il adore vérifier ses hypothèses sur le terrain. Il remet pour Pokémon aux jeunes Dresseurs Poussifeu, Gobou ou Arcko. C'est lui qui a remis son premier Pokémon à Flora et à Harrison (un Poussifeu à chacun). Il est un grand ami du père de Flora, Norman, le Champion d'Arène de Clémenti-Ville. Il a été formé par le Professeur Chen et lui parle avec respect.
Il est vu poursuivi par un Medhyèna sauvage à la sortie de Bourg-en-Vol, il demande au joueur de choisir entre Poussifeu, Arcko et Gobou, afin de lui venir en aide. Finalement il décide de le laisser au joueur. On le voit dans son laboratoire ou sur la route entre Bourg-en-Vol et Rosyères, ou encore sur la route au-dessus de Rosyères. Il réapparaît après avoir battu la Ligue Pokémon de Hoenn. Il est aussi le père du rival (Brice ou Flora, selon le personnage choisi par le joueur).
Comme dans les versions originales, il est poursuivi par un Medhyèna sauvage, et donne un des Pokémon de départ au joueur après avoir été sauvé. Après la fin du jeu, il est de nouveau poursuivi, mais par un Balignon. Il offre à cette occasion un Pokémon au choix parmi les Pokémon de départ de Johto. Le joueur n'a cependant pas à affronter le Balignon. Après l'Épisode Delta, il est de nouveau poursuivi, mais par un Machopeur déménageur. Il donne au joueur un des Pokémon de départ d'Unys. Plus tard, c'est au tour de sa femme de le poursuivre, et le professeur fuit en pensant qu'il s'agit encore d'un Pokémon. Il remet finalement au joueur l'un des Pokémon de départ de Sinnoh.
Deux sprites inutilisés du Professeur Seko sont présents dans les données de Pokémon Émeraude. Si le premier est une copie exacte de son sprite de face de Pokémon Rubis et Saphir, le second n'est en revanche jamais vu ailleurs.
Sur celui-ci, les deux mains du Professeur Seko sont dans les poches de sa blouse (contrairement à ses sprites habituels de Pokémon Rubis et Saphir où elles sont sorties et de Pokémon Émeraude où seule sa main gauche est dans sa poche), tandis que son short aborde un brun plus foncé. Ce sprite présente également plusieurs différences mineures avec les deux autres.
Le Professeur Seko est tout d'abord mentionné par Harrison dans l'épisode 272 comme le grand expert en Pokémon de la région de Hoenn. Il apparaît finalement dans l'AG001 quand Sacha arrive à Hoenn. Il lui est d'un grand secours pour guérir Pikachu d'un surplus d'énergie dangereux. Il donne en outre Poussifeu à Flora pour entamer son voyage Pokémon.
Il apparaît sur l'île de Myokara le temps de l'AG027 et 28. Il revient dans l'AG071 où il rencontre le Professeur Chen avec Sacha et ses amis. Ces derniers le retrouvent dans l'AG095, épisode dans lequel le professeur Seko est en vacances sur l'archipel ATO. On le voit également lors de l'AG133 et lors de l'épisode spécial Le Maître des mirages. Son mode de transport est généralement la jeep.
Le Professeur Seko apparaît dans l'arc Rubis et Saphir où, à l'instar des jeux vidéo, il se fait poursuivre non pas par un Medhyèna mais par trois Grahyèna. Il donne un Poussifeu à sa fille, Saphir, et un Gobou à Rubis, ainsi qu'un Pokédex à chacun. Il doit faire de même avec Émeraude mais le Pokédex et la Poké Ball contenant Arcko sont emportés par les flots lors de la catastrophe qui ravage Hoenn. Finalement, on apprend dans l'arc Émeraude que le jeune homme a tout de même pu obtenir son Pokédex grâce à Timmy, mais pas Arcko.
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