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La Frégate Plasma est un navire volant, apparaissant dans Pokémon Noir 2 et Blanc 2. Il fonctionne grâce à l'énergie de Kyurem. Il est également la nouvelle base de la Team Plasma, suite à la destruction du Palais de N après Pokémon Noir et Blanc. L'énergie de Kyurem est drainée grâce à un système dans le navire créé par Nikolaï, un scientifique étrange. Ghetis est le commandant du navire.
La première apparition de la Frégate Plasma est à l'un des quais de Volucité, le rival se pose des questions sur ce navire étrange et part à l'Arène de la ville. Le joueur monte à son bord après le Pokémon World Tournament, avant de se faire exclure par le Trio des Ombres. Sa troisième apparition est après avoir battu Watson à Janusia, le navire apparaît dans le ciel et bombarde Janusia de trombes de glaces créées par Kyurem qui est contrôlé dans le navire. Sa quatrième apparition est à la sortie de la Grotte Littorale, à ce moment là, il sera temps de monter à bord pour tenter de libérer Kyurem. Après avoir battu Lilien, le Trio des Ombres intervient de nouveau pour faire sortir le héros et son rival de force, puis le navire décolle. On retrouve le navire à la Grotte Cyclopéenne. Puis on peut y retourner via le Labo P2 pour affronter Nikolaï.
La Frégate Plasma apparaît dans l'épisode L'ère glaciaire. Elle survole la ville de Janusia, lors d'une attaque organisée de la Team Plasma sur la ville. Le navire renferme Kyurem, qui a été emprisonné par les Plasma. Nikolaï utilise le pouvoir du Pokémon légendaire pour attaquer et geler toute la ville. Malgré ses efforts, Watson est vaincu, et le Sage Lilien s'empare du Pointeau ADN.