La fin d'une époque (titre japonais : エニシダとバトルフロンティア！, ce qui donne en français : « Scott et le Battle Frontier ! ») a été diffusé pour la première fois au Japon le 23 juin 2005, aux États-Unis le 8 avril 2006 et en France le ??.
Le Pokégroupe quitte Éternara en bateau pour se diriger vers Rosyères, dans l'idée de se séparer. Flora et Max rentrent chez eux, pendant que Pierre et Sacha retournent à Kanto. Le trio Rocket, quant à lui, arrive au QG de la Team Rocket pour faire son rapport à Giovanni. Le trio reçoit sa nouvelle affectation : l'Antarctique, mais croise Butch et Cassidy dans les couloirs. Après une dispute, le trio initie le lancement d'une « nouvelle Team Rocket » avec une nouvelle devise.
Max et Flora retrouvent leur mère à la maison et font un tour dans la serre familiale pour retrouver les Pokémon de leur père. Pierre et Sacha se séparent, et alors que ce dernier se restaure au bord de l'eau, il se rend compte du poids de la solitude qu'il avait oublié. Arrivé à Jadielle, Sacha rencontre Scott qui lui parle des Match extrêmes. Ensuite, Agatha se révèle être la nouvelle Championne de l'Arène de Jadielle.
Agatha défie Sacha dans un combat amical opposant Pikachu à Ectoplasma. Après une Vive-Attaque, Sacha se rappelle que les attaques de type Normal ne fonctionnent pas sur les Pokémon Spectre. Il tente un Tonnerre, mais est évité et contré par Ball'Ombre. Il parvient à toucher Ectoplasma d'une Queue de Fer et à se servir d'une Ball'Ombre pour attaquer de nouveau d'une Queue de Fer, évitée avec Reflet. Les reflets sont brisés grâce à Tonnerre, puis une nouvelle Ball'Ombre est évitée, avant une nouvelle contre-attaque avec Queue de Fer. Un Tonnerre est initié, mais une combinaison d'Hypnose et Dévorêve met fin au combat. Après le match, Sacha apprend qu'Agatha fait partie de l'Élite 4 et que les matchs extrêmes sont du même niveau. Scott explique le fonctionnement de ces matchs à Sacha qui accepte d'y participer. Pikachu est alors dérobé par la Team Rocket, improvisant sa nouvelle devise, mais vite défaite par Pikachu avec l'aide du Nosferalto d'Agatha.
Jessie : « Nous sommes de retour, tout droit tombés du ciel » James : « Derrière les étoiles, les surprises sont cruelles »
Jessie : « Et les diableries ont l'âge de la galaxie »
James : « C'est pour accomplir notre destin qu'on est ici » Miaouss : « Et je suis revenu Miaoussi ! »
Jessie : « Afin d'écraser l'amour et la vérité »
James : « Afin d'étendre notre pouvoir jusqu'à la voie lactée »
Jessie : « Jessie ! »
James : « Et James ! »
Miaouss : « Et Miaouss, c'est un trio ! »
Jessie : « Partout où règne la paix dans l'univers... »
James : « ...la Team Rocket... »
Miaouss : « ...sera présente... »
Jessie, James et Miaouss : « ...pour semer panique et désordre !» Qulbutoké : « Qulbutoké » Éoko : « Éoko »
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