Le Phare de Johto est une tour haute de six étages où l'on trouve neuf Dresseurs à combattre, mais aucun Pokémon sauvage. Le dernier étage est habité par un Pharamp surnommé Phary, dont la lumière permet de guider les navires en approche d'Oliville.
Dans les jeux, Phary, qui éclaire le phare, tombe gravement malade, obligeant la ChampionneJasmine à s'absenter de son Arène pour veiller sur lui. Le protagoniste, informé de la situation par Silver, rencontre la Championne au sommet du Phare et doit aller chercher la Potionsecret à Irisia afin de guérir Phary et de pouvoir défier la spécialiste du type Acier.
Les Dresseurs dont le nom est suivi de l'icône du Pokématos proposent au joueur d'échanger leurs numéros de téléphone pour pouvoir disputer une revanche.
Contrairement à l'Oliville des jeux vidéo, celle du dessin animé compte deux phares. Le plus ancien, surnommé le « phare aux mille lumières », est réputé pour son gardien Pharamp et fait partie du patrimoine historique de Johto. Le second est un phare moderne automatisé, mais qui est loin de supplanter le premier dans le cœur des autochtones.
Dans l'épisode 208, le Pokégroupe se rend au vieux phare d'Oliville pour y rencontrer Jasmine. La Championne, cependant, n'est pas disposée à combattre Sacha car elle doit s'occuper de Luciole, l'actuel gardien qui est tombé malade. La Team Rocket fait irruption au sommet du Phare et kidnappe le Pharamp, avant d'être stoppée net par Janina et son Onix. Sacha et sa bande décident ensuite d'accompagner l'élève de Jasmine à Irisia pour prendre livraison du remède qui guérira Luciole.
Dans l'épisode 223, la lumière émise depuis le sommet du Phare par le Pokémon Électrik, qui a retrouvé la forme, permet à Alexandre le Voltigeur de retrouver son chemin à travers le brouillard. Sur place, Jasmine et Janina ne cachent pas leur joie en voyant arriver l'avion transportant le Pokégroupe.
Le Phare apparaît pour finir dans l'épisode 609, lorsque Célesta fait l'exposé des lieux remarquables de Johto d'un festival consacré à sa région natale.
Parmi les Dresseurs à combattre au Phare, trois présentent un Têtarte de niveau 18 ou 20, en-deçà du palier d'évolution de Ptitard (25).
Dans l'édition française de HeartGold et SoulSilver, les deux PNJ au troisième étage du Phare – une Fillette prénommée Aurore et un Gentleman – rappellent étrangement la scène du Lac Vérité au début de Pokémon Diamant et Perle.
Dans Diamant et Perle et ses remakes, Oliville et son Phare sont évoqués implicitement par Jasmine à Rivamar, autre ville côtière dotée d'un phare.
Les deux qualificatifs du Phare de Johto, « scintillant » dans Or, Argent et Cristal et « étincelant » dans HeartGold et SoulSilver, ont servi à nommer les versions françaises des remakes de Diamant et Perle, Pokémon Diamant Étincelant et Perle Scintillante.
Mauville • 
Écorcia • 
Doublonville • 
Rosalia • 
Irisia • 
Oliville • 
Acajou • 
Ébènelle