Modification de Mewtwo (dessin animé)

Après l'explosion du laboratoire, Mewtwo se vante de sa puissance. Giovanni, prévenu de la naissance de Mewtwo, débarque sur l'île grâce à son hélicoptère, et propose d'aider Mewtwo à contrôler sa puissance. Méfiant tout d'abord, Mewtwo finit par accepter le marché. Une fois de retour à la base de la Team Rocket, Giovanni fait enfiler à Mewtwo une armure reliée à des câbles. Selon Giovanni, cette dernière aiderait Mewtwo à maîtriser ses pouvoirs. L'occasion de la tester se présente dans l'Arène (à l'époque où Giovanni était le Champion de l'Arène de [[Jadielle]]). L'effet est sans appel : sous les ordres de Giovanni, Mewtwo neutralise tous ses adversaires en un seul coup, y compris [[Régis]] (scène que l'on voit par ailleurs dans l'animé). Mais Giovanni ne s'arrête pas là : il utilise aussi Mewtwo lors de ses missions, pour capturer un troupeau de Tauros par exemple, que Mewtwo parvient à immobiliser dans les airs. Petit à petit, Mewtwo maîtrise de mieux en mieux ses pouvoirs psychiques. Cependant, il se demande au fond de lui ce qu'il fait ici.

Une fois son laboratoire achevé, Mewtwo kidnappe l'[[infirmière Joëlle]] de la ville la plus proche, afin de la mettre sous ses ordres en prenant le contrôle de son esprit par télékinésie. Il l'utilise afin de créer des invitations pour un tournoi Pokémon, se faisant passer pour le plus grand Dresseur Pokémon du monde. Afin de repérer dans la nature les Dresseurs les plus puissants, Mewtwo utilise un Rapasdepic qui survole la terre la plus proche de son île, avec une caméra autour du cou. Mewtwo utilise aussi un Dracolosse pour livrer les invitations aux Dresseurs repérés. C'est ainsi que Mewtwo assiste à un combat de Sacha contre un caïd sûr de lui, que Sacha gagne haut la main. C'est ainsi que Sacha devient un des invités de Mewtwo. Par la suite, Mewtwo utilise ses pouvoirs pour créer une dangereuse tempête d'une violence rare. L'original de Mewtwo (Mew) se réveille alors et sort de sa bulle dans lequel il était maintenu endormi au fond de l'eau... Alors que des milliers de Dresseurs étaient invités au tournoi de Mewtwo, aucun ne pourra y assister, étant donné la tempête et l'absence mystérieuse de l'infirmière Joëlle. Sauf s'ils décident de braver l'océan pour s'y rendre. Seuls 4 Dresseurs (sans compter [[Pierre (dessin animé)|Pierre]] et [[Ondine (dessin animé)|Ondine]]) dont Sacha décident d'affronter la tempête (c'est ainsi que la Team Rocket se retrouve embarquée dans le voyage). Après une lutte acharnée contre les vagues, ces quatre Dresseurs réussissent à arriver à bon port: il s'agit de Sacha et ses amis, [[Fergus]], [[Corey]] et [[Neesha]] (ainsi que la Team Rocket). Reçus par l'infirmière Joëlle hypnotisée, ils sont ensuite réunis dans une immense salle, et chaque Dresseur fait sortir ses Pokémon de leur Poké Ball (sauf la Team Rocket qui se retrouve obligée d'entrer par les égouts). Mewtwo finit par se dévoiler, ce qui représente une aberration pour certains Dresseurs, notamment Fergus, car un Pokémon ne peut pas être Dresseur. Mewtwo utilise alors ses pouvoirs pour lui montrer qui décide de quoi. Fergus n'hésite plus et envoie [[Léviator]], son Pokémon le plus fort, le défier. Mais Mewtwo retourne son Ultralaser contre lui et le met K.O. Mewtwo arrête ensuite son pouvoir de possession sur l'infirmière Joëlle qui réalise alors qu'elle a été enlevée à cause de sa connaissance en Pokémon. Mewtwo dévoile alors ses desseins : dominer le monde des humains et des Pokémon. Alors que Mewtwo déclare que les Pokémon ne sont que des esclaves, le Pikachu de Sacha proteste en disant qu'il est l'ami de son Dresseur, point de vue non partagé par Mewtwo qui décide de l'envoyer balader avec ses pouvoirs. C'est alors que Corey tente le tout pour le tout en essayant de le capturer, et en envoyant son Rhinocorne contre Mewtwo, qui le repousse avec une facilité déconcertante. Sacha lui rappelle alors ce pourquoi ils sont ici : le tournoi. Satisfait, Mewtwo, appelle ses clones grâce à ses pouvoirs. Ces clones sont dans une autre salle, dans des incubateurs, en sommeil. Peu après que la Team Rocket découvre cette salle, et écoute le message enregistré par le Dr.Fuji, ils assistent au réveil des clones, et remarquent leur démarche de zombie. Il s'agit des clones de [[Florizarre]], [[Dracaufeu]] et [[Tortank]]. Mew, ayant suivi la Team Rocket depuis leur entrée, décide de les suivre. Mewtwo dévoile ainsi son Arène, dissimulée derrière lui, ainsi que la nature de ses Pokémon : des clones améliorés, tout comme lui. Il tient à prouver leur supériorité par rapport aux originaux. Il décide donc de défier le Tortank de Neesha, le Florizarre de Corey et le Dracaufeu de Sacha.

Après avoir vaincu assez facilement le Florizarre de Corey, le Tortank de Neesha et le [[Dracaufeu de Sacha]], Mewtwo utilise des [[Poké Ball]] de sa création pour capturer les Pokémon de toutes les personnes présentes. Ces Poké Ball peuvent non seulement capturer des Pokémon déjà capturés, mais quand Sacha décide de faire rentrer ses Pokémon dans leur Poké Ball, les Poké Ball de Mewtwo capturent aussi les Poké Ball de Sacha. Même Pikachu n'y échappe pas. Ces Poké Ball sont ensuite amenées dans le laboratoire où les clones étaient maintenus en sommeil. La Team Rocket assiste alors à la création de clones grâce à une machine à cloner, que Sacha réussit à détruire. Il libère ainsi tous les originaux de leur Poké Ball. Cependant, tous les Pokémon se retrouvent avec un clone de lui-même. Alors que Mewtwo allait éliminer les Dresseurs, les clones de leurs Pokémon sortent du laboratoire de clonage et le rejoignent. Mewtwo est alors satisfait du résultat, mais Sacha le rejoint avec tous les originaux, décidé à ne pas se laisser faire. Il essaie même de se confronter directement à Mewtwo, mais ce dernier le propulse hors de l'Arène. C'est alors que [[Mew]] apparaît subitement et sauve Sacha grâce à une bulle rose qui semble l'amuser au plus haut point. Cette apparition surprend Mewtwo : le voilà confronté à son original ! Une envie le démange alors : prouver sa supériorité. Il décide d'attaquer Mew, mais ce dernier a plutôt l'impression qu'il s'agit d'un jeu, ce que Mewtwo s'empresse de démentir. Alors qu'il se prétend supérieur, Mew lui rappelle que la véritable force des Pokémon se trouve dans leur cœur, ce qui a le don d'énerver Mewtwo. Il décide alors que les pouvoirs spéciaux des Pokémon ne sont pas utiles pour prouver leur supériorité, par conséquent il décide de les bloquer, et ordonne à ses clones d'attaquer. Une violente lutte éclate alors entre originaux et clones, alors que Mewtwo et Mew s'affrontent dans les airs, sous le regard impuissant de tous les Dresseurs. Voyant cela, Sacha décide de descendre de là où il avait atterri une fois projeté par Mewtwo pour arrêter le combat. Seul Pikachu et Miaouss refusent d'affronter leur clone, tandis que tous les autres se battent jusqu'à l'épuisement.

Deux ans plus tard, Mewtwo et les autres Pokémon clones se réfugient au [[Mont Quéna]], dans la région Johto. Mewtwo continue à se poser des questions sur le monde et ses merveilles, mais veut se cacher du monde des humains pour vivre en paix avec les Pokémon clones. Mais Giovanni le retrouve réfugié à Johto et commence un plan pour le capturer à nouveau, avec ses clones des Pokémon qu'il a clonés dans le premier film. Toutefois, ce plan est déjoué quand Mewtwo rencontre de nouveau Sacha, qui ne se souvient pas de lui, mais qui en a entendu parler. Giovanni retient Mewtwo tentant de l'enfermer et de le vider de ses pouvoirs psychiques, mais Sacha et ses amis l'aident à s'échapper et à se régénérer en le plongeant dans la source d'eau pure du [[Mont Quéna]], ce qui conduit à la défaite de Giovanni. Après la défaite de Giovanni, Mewtwo veut effacer la mémoire de tout le monde, mais après le discours que lui a fourni Miaouss, Mewtwo efface seulement la mémoire de Giovanni et ses troupes, leur faisant croire qu'ils étaient dans la région pour un exercice. Après le départ de Sacha et de la [[Team Rocket (trio)|Team Rocket]]. Mewtwo parcourt le monde à la recherche de réponses. Dans l'épilogue du film, Sacha a l'impression d'entendre Mewtwo, puis il observe une ville dans la nuit.

Après quelque temps, Mewtwo décide de recueillir et de protéger les Pokémon qui ont été abusés par des humains. Souhaitant les protéger, et leur offrir un havre de paix, Mewtwo et les Pokémon s'installent sur l'île de Cero, isolée et inhabitée par les Hommes.

*Pour plus d'informations sur cette espèce de Pokémon, consulter la fiche de [[Mewtwo]].