Modification de Fédération Ranger

Sur ordre de Barak, le joueur doit se rendre dans la salle de réunion de la Fédération avec un Pokémon pouvant éliminer un Gigatélec rouge, avec la Capacité Terrain [[Fichier:Jet d'Eau x2 r 3.png]]. Le joueur fait une démonstration de destruction de Gigatélec devant Barak, les Top Rangers, le Professeur Pressand et la présidente Marthe. Puis, le joueur retourne voir Barak dans la salle de recherche et se repose. Le lendemain, il repart en direction de Véterville.

Après avoir été promu Top Ranger, le joueur passe par la Forêt de Véter pour se rendre à la Fédération Ranger. En chemin, Raphaëlle le transporte à dos d'Étouraptor jusque devant le bâtiment. Le joueur doit aller dans la salle de conférence pour avoir le certificat attestant de son statut de Top Ranger. Il découvre au passage que son ami Steph est aussi passé Top Ranger. Tous les deux obtiennent le Top Capstick, qui permet d'utiliser la Charge du Capstick. Le joueur monte ensuite au deuxième étage, où il fait connaissance avec les Top Techniciens de la Fédération. Ritmi, son ancienne camarade du classe, en fait partie. Marthe confie rapidement au joueur sa première mission en tant que Top Ranger. Il doit rejoindre Seth, un autre Top Ranger, dans les Ruines de Chroma.

Le joueur revient faire son rapport auprès de Marthe, qui lui octroie le Grade Ranger 5. En attendant que les chercheurs de la Fédération déchiffrent le journal obtenu dans les Hauteurs de Chroma, le joueur doit patrouiller avec Steph. Il peut décider d'effectuer des quêtes, ou parler à Marthe pour se reposer. Le lendemain, le joueur doit se rendre dans la salle de recherche. Tinage, l'un des chercheurs de la Fédération, déchiffre les premières lettres du journal, qui indiquent "Sinclair". Samy se souvient d'avoir entendu ce nom au Bâtiment Loyau. Le joueur doit donc s'y rendre, en compagnie de Steph. Le joueur retourne dans la salle de recherche après avoir trouvé des informations. Samy, le Professeur Pressand et Marthe sont présents. Le pendentif de Samy se met soudain à émettre une lumière bleue, ce qui diminue la puissance du fragment obscur. Le joueur est envoyé dans la Vallée Sakaï, tandis que Steph reste à la Fédération.

Le joueur revient faire son rapport auprès de Marthe, et obtient le Grade Ranger 6. Le joueur peut faire des quêtes ou demander à Marthe de se reposer. Le lendemain, tout le monde monte au dernier étage de la Fédération. Le Professeur Pressand a mis au point un dispositif d'amplification pour diffuser le pouvoir de la Gemme Bleue dans toute la région d'Almia. Le joueur place la gemme sur le dispositif. La lumière de la gemme est diffusée à travers la région grâce à l'Arbre de l'Harmonie, faisant disparaître 33% de l'énergie des Gigatélecs et Minitélecs de la région. Après avoir effectué une mission rapide de patrouille, le joueur doit retourner dans la salle de recherche. Le Professeur Pressand lui confie une mission : se rendre à Terruptive pour obtenir la Gemme Rouge. Il envoie aussi Steph dans le Village Alorize pour récupérer la Gemme Jaune.

Le joueur revient faire son rapport auprès de Marthe, et obtient le Grade Ranger 7. Le lendemain, le joueur place la Gemme Rouge sur l'un des trois socles près de l'Arbre de l'Harmonie. Désormais, 66% de l'énergie des Gigatélecs et Minitélecs de la région disparaît. Ritmi monte alors à l'étage. Elle explique qu'elle a reçu un message de Steph informant que la capture du Gardien de la Gemme Jaune lui demande plus de temps que prévu. Le Professeur Pressand, qui s'inquiète, envoie quand même le joueur au Temple Hippodocus pour l'aider.

Le joueur fait son rapport à Marthe, et la présidente le laisse se reposer. Le lendemain, Isaac monte à l'étage et révèle le mot de passe de la machine incroyable, "Mélodie", le nom de sa petite sœur. Le joueur doit se rendre dans la salle de conférence, où se trouvent tous les Top Rangers, Pressand, Marthe et Tinage, le chercheur. Tinage projette au sol les images de la Machine incroyable, qui est en réalité la Tour Loyau. Au terme d'une discussion sur le plan à adopter, le Professeur Pressand s'isole pour réfléchir. En attendant, le joueur doit patrouiller. En sortant de la salle de conférence, le joueur est interpellé par Samy qui lui parle du concert du Quatuor Go-Rock qui a lieu le lendemain. Le joueur peut effectuer des quêtes ou retourner voir Marthe. Quelques heures plus tard, le joueur, les Top Rangers, Barak, Pressand et Marthe sont réunis près de l'arbre. Isaac explique le fonctionnement de la Tour Loyau. Le Professeur Pressand expose le plan d'attaque de la Tour Loyau, qu'il nomme "Opération Sinclair". Marthe confie les Gemmes Bleue et Rouge à Raphaëlle et Seth. Un étage en dessous, Samy débarque en trombe pour prévenir de l'arrivée de quelqu'un au rez-de-chaussée. Il s'agit de Steip, qui attaque le joueur avec son Élekable.

Le joueur monte à l'étage, voyant un trou béant dans le mur par lequel Cryo est entré. Ce dernier veut ramener Isaac à Loyau de force. Isaac refuse, mais Lavinia débarque en ayant pris Mélodie en otage. Isaac est contraint de rejoindre Loyau. Après le départ de Lavinia, Cryo attaque le joueur avec son Carchacrok.

Après la réussite de la capture, Cryo s'enfuit. Samy débarque à nouveau pour prévenir de l'arrivée d'une nouvelle personne au deuxième étage. Il s'agit de M. Cervil, qui attaque le joueur avec 8 Keunotor. Après ça, M. Cervil s'en va, suivant un Sbire de l'Équipe Sombres Héros. Marthe remet au joueur le Grade 9 pour avoir su protéger la Fédération. Raphaëlle informe Marthe et Pressand de la présence de couches de protection autour de la Tour Loyau, l'empêchant de s'y rendre par la voie des airs. Le Professeur Pressand charge Steph et le joueur de se rendre à la Tour Loyau pour mener à bien l'Opération Sinclair.

Marthe demande au joueur de venir à la Fédération une semaine après la réussite de l'Opération Sinclair. Elle lui remet le Grade 10 ainsi qu'un laissez-passer pour le Stade de Capture. Cependant, elle ne révèle pas au joueur son emplacement.