Modification de Tour Loyau

Isaac explique au joueur le fonctionnement de la Machine incroyable. Le joueur doit détruire les 3 Boules d'Énergie pour faire disparaître les 3 couches de protection de la tour. Pendant son ascension, le joueur entend fréquemment les messages de l'ordinateur central qui indique le niveau de puissance atteint par la machine. Au premier étage, la Boule d'Énergie jaune est gardée par Steip. Celui-ci attaque le joueur avec son Rhinastoc.

Après avoir vaincu Steip, Isaac désactive le programme de la Boule d'Énergie empêchant d'utiliser une Capacité Terrain. Il faut utiliser un Grolem pour la détruire. Au deuxième étage, le joueur est confronté à Lavinia et son Maganon.

Isaac fait de même qu'à l'étage précédent. Pour détruire la Boule d'Énergie Rouge, le joueur doit faire appel à la Capacité Terrain d'un Aquali.

Au troisième étage, le joueur doit affronter Cryo et son Gallame.

Cette fois-ci, le programme-piège de Cryo donne du fil à retordre à Isaac. Lavinia et Steip reviennent, et Cryo passe à l'offensive avec les 3 Pokémon que le joueur vient d'affronter en même temps. Bien qu'étant représentés par une image comme les boss du jeu, leur jauge d'amitié correspond à celle de Pokémon normaux.

À la suite de la capture, Lavinia et Steip fuient. Cryo précise que son assaut ne servait qu'à gagner du temps. Isaac désactive finalement son programme-piège. Cryo s'en va alors à son tour en laissant la Gemme Jaune derrière lui. À l'aide d'un Pharamp, le joueur doit détruire la Boule d'Énergie bleue. Le Professeur Pressand envoie un Vocogramme à Seth et Raphaëlle pour leur donner l'ordre de voler en cercle autour de la tour. En sortant de la pièce, l'ordinateur central annonce que la Machine incroyable approche dangereusement du niveau 3, soit son dernier niveau. Tous les Pokémon d'Almia se mettent à subir les effets du Cristal d'Ombre, agissant comme un Gigatélec titanesque. Au niveau suivant, des Gigatélecs noirs produisent une espèce de fumée noire de laquelle s'échappe le cri de Darkrai. Avant de pouvoir monter les escaliers menant au sommet, Isaac se rend compte que le plancher est électrifié. Il se rend près de la machine juste devant et désactive l'électricité. Cependant, il se retrouve bloqué par une barrière électrique. La Machine incroyable progresse dangereusement, affectant même les lieux éloignés comme la Vallée Sakaï, la Grotte Volcanique ou encore le Désert Alorize. Au sommet de la tour, le joueur tombe sur Anoir Rayor, le patron de l'Équipe Sombres Héros, accompagné de Steip et M. Cervil. M. Cervil interrompt le discours d'Anoir vantant les mérites de la Machine incroyable. Il affronte le joueur avec un simple Keunotor. Voulant ensuite attaquer avec un autre Keunotor, il se fait stopper par le patron, qui démontre une autre fonction de la Machine incroyable. Il peut faire venir un Pokémon de n'importe où dans la région, et décide de faire venir un Noctunoir du Temple Hippodocus. Le joueur doit le capturer.

Après la réussite de la capture, Seth et Raphaëlle prennent les Gemmes Bleues et Rouges et demandent au joueur de s'approcher au maximum avec la Gemme Jaune. L'objectif est de contrer le pouvoir du Cristal d'Ombre avec les 3 Gemmes. Anoir Rayor décide de passer aux choses sérieuses en faisant émerger Darkrai des ténèbres, à l'étage où se trouvait la fumée noire. Les Étouraptor de Steph et Raphaëlle sont affolés et s'éloignent de la tour. Le patron ordonne à Darkrai d'utiliser Trou Noir pour engloutir le joueur dans les ténèbres. Heureusement, Steph le sauve à dos d'Étouraptor, et en profite pour récupérer la Gemme Jaune. Furieux, Anoir Rayor décide de débloquer le niveau interdit de la Machine incroyable : le Niveau Ténèbres. Mais il perd le contrôle de Darkrai, qui emporte M. Cervil dans les ténèbres. Steip décide finalement de s'en aller, et Darkrai engloutit Anoir Rayor à son tour. Le joueur doit capturer Darkrai pour l'apaiser.

Néanmoins, lors de la première capture, le Capstick du joueur ne transmet aucune amitié au Pokémon, car son esprit est fermé à cause du Cristal d'Ombre. Les Gemmes portées par Seth, Steph et Raphaëlle se mettent à briller. Les trois lueurs entrent dans le Capstick du joueur, imprégnant les trois fragments de pendentifs d'énergie. Le joueur peut enfin capturer Darkrai. Après la réussite de la capture, Seth, Steph et Raphaëlle tournent autour du Cristal d'Ombre avec les 3 Gemmes, lui faisant perdre de sa noirceur. Apaisé, Darkrai fait revenir M. Cervil et Anoir Rayor. Le Professeur Pressand et Barak arrivent alors. Le professeur remet à Anoir le journal reconstitué de son père, et en lit quelques passages. Le joueur apprend qu'Anoir a eu vent de l'existence des trois gemmes grâce à son père. Barak, quant à lui, propose à Anoir de se faire pardonner. Une escorte l'attend à l'entrée de Loyau S.A., et la Fédération Ranger compte l'interroger après la cérémonie du Parc Loyau. Après le départ d'Anoir et de M. Cervil, Barak précise au joueur qu'Isaac a été sauvé. Steph, Seth et Raphaëlle reviennent sur la terre ferme et effectuent leur pose de Ranger en compagnie du joueur. La mission est accomplie. Le Professeur Pressand se demande alors où sont passées les trois gemmes : en se retournant, il découvre qu'elles tournent autour du Cristal Lumineux. Tous les Pokémon de la région sont libérés de l'emprise de la Machine incroyable.

Le joueur, en compagnie de Steph, se rend au pied de la Tour Loyau. L'entrée a été barricadée avec une Porte Électrique, obligeant le joueur à faire demi-tour et rentrer dans le Bâtiment Loyau. En arrivant devant d'autres barricades, derrières lesquelles sont séquestrés les membres du personnel, le joueur doit affronter un Pharamp et un Électrode des Sombres Héros. En capturant un Pokémon avec la Capacité Terrain [[Fichier:Survoltage x1 r 3.png]] dans le bâtiment, le joueur peut se débarrasser de la porte.

En pénétrant dans la tour, le joueur doit capturer les 2 Migalos d'une Sbire Sombres Héros. À l'étage du dessus, le joueur est attaqué par 2 Rhinoféros. Il doit ensuite affronter 2 Caninos et 1 Arcanin, puis 2 Spectrum et 1 Ectoplasma à l'étage suivant. En arrivant dans les quartiers de Cryo, le joueur doit éliminer la Boule d'Énergie bleue avec [[Fichier:Survoltage x3 r 3.png]]. Mais c'était un piège de deux Sbires de l'Équipe Sombres Héros. Darkrai apparaît alors et utilise son Trou Noir pour engloutir Steph et le joueur. Le joueur se retrouve dans la pièce où se trouvaient les Gigatélecs noirs auparavant. Darkrai est en fait de son côté. Les deux Sbires, quant à eux, se retrouvent bloqués dans les quartiers de Cryo. Arrivé au sommet, le joueur tombe sur M. Krog, et 2 Sbires. M. Krog fait appel à tous les autres Sbires pour encercler le ciel. Encerclé, le joueur doit faire appel à la Capacité Terrain [[Fichier:Noirceur r 2.png]] de Darkrai pour engloutir tous les sbires, qui atterrissent sur la Plage du Vent Salé. Le joueur doit alors faire face à M. Krog, en capturant son Drascore et son Scorvol. Le Professeur Pressand arrive ensuite et remercie Darkrai. La mission est accomplie.